复兴航空不幸空难，除了哀悼外，究责声音同样四起，由于事故当天，麦德姆台风正侵袭全台以及离岛，民航局虽强调起降符合规定，但前澎湖县长高植澎则是痛批官方卸责。

外界质疑起因是天候不佳，网络更流传事发当时气象云图与影片；对此，民航局副局长李万里24日表示，空难起因包括天候，或是机师高度侦测、重降转圈等可能性造成，据初步取得的天气资料单看来都符合起降标准。

交通部长叶匡时24日抵达澎湖慰问罹难者家属，他也说，判断飞安时会根据飞机机型、气象、塔台等因素，复兴航空GE222当时符合飞安条件，但是否有其他问题，会交由飞航安全调查委员会查明。

复兴航空公司董事长林明升今(25)天前往殡仪馆向罹难者上香，家属痛哭：天气太坏为什么不返航？

高植澎也在脸书发文质疑，「气象图可看出澎湖县晚上会有第三波大雷雨，所以晚上休诊，譲护士回家休息，结果六点多就开始雷雨交加，悲哀！复兴航空可能碰到了第三波大雷雨。」